博物馆坚持“创新、协调、绿色、开放、共享”的发展理念，以“城市，让生活更美好”为宗旨，依托杭州国际城市学研究中心大楼而建，是打造具有国际特征、中国特点、杭州特色的城市学学派和打造“国内领先、世界一流”的城市学智库，建设一流的城市学理论研究中心、学术交流中心、信息发布中心和人才培养中心的重要载体。

研究院立足杭州“一基地四中心”战略定位，以“服务于南宋皇城大遗址综合保护工程实施，助力杭州东方文化特色品牌、历史文化名城建设，使杭州成为‘独特韵味、别样精彩的世界名城’为”使命，致力于打造国内一流、国际知名的南宋文化研究中心。。